北京大学、深圳湾联合华为与机器之心,计划在 2021年8月21至23日举办第一届「MindSpore–SPONGE 人工智能分子模拟 Workshop 暨暑期培训」。
近年来,得益于计算机能力和软件可用性的不断提升,分子动力学(molecular dynamics, MD)已经成为了科学研究的重要工具,并在物理、化学、生物和材料等领域有着广泛的应用。
分子动力学模拟则是利用牛顿定律近似来描述微观原子和分子尺度演化的计算机模拟方法,既可用于基础科学研究也可用于工业实际应用。在基础科学领域,分子动力学方法有助于科研人员从微观研究体系的物理化学性质。
与此同时,作为人工智能的重要组成部分,深度学习(deep learning,DL)技术发展迅速,分子动力学模拟领域越来越多的研究人员希望将深度学习的相关算法融入到他们的研究中。但是,传统的分子动力学模拟软件难以同主流的深度学习框架有机结合,两者的高效便捷整合存在着不小的技术鸿沟。
为了实现分子动力学模拟与深度学习算法的更高效融合,北京大学与深圳湾实验室高毅勤课题组联合开发了新一代分子动力学模拟程序 SPONGE,该程序基于「模块化」的设计理念,使得 MD 算法开发者可以非常方便地在 SPONGE 中实现自己的算法。
同时,为了让 SPONGE 能与目前的深度学习技术进行更好地结合,高毅勤教授课题组同华为 MindSpore 开发团队合作,将 SPONGE 移植到了华为全场景人工智能框架MindSpore,开发出了新一代人工智能分子动力学模拟程序 MindSponge。目前,MindSpore 1.2 版本中已经内置了 MindSponge。
MindSpore1.2 版本开源的 SPONGE 具备两方面优势,一是全模块化分子模拟,二是传统分子模拟与 MindSpore 结合的人工智能算法的全流程实现。全算子化的 SPONGE 将与 MindSpore 进一步结合成为新一代端到端可微的分子模拟软件,实现人工智能与分子模拟的自然融合。
作为全新国产分子动力学模拟软件,一方面,我们希望 SPONGE 和 MindSponge 能被越来越多的科研人员所使用;另一方面,我们也希望越来越多的分子模拟研究人员能将深度学习的相关算法和技术融入到自己的研究中。
因此,北京大学、深圳湾联合华为与机器之心,计划在 2021年8月21至23日举办第一届「MindSpore–SPONGE 人工智能分子模拟 Workshop 暨暑期培训」。本届Workshop采取线上形式,免费报名。
授课内容为分子动力学模拟软件 SPONGE 的使用,以及基于 MindSpore 人工智能框架的分子模拟相关深度学习技术的基础与实践。
授课对象为全国高校中对分子模拟及深度学习相关技术感兴趣的研究生与本科生,报名者需要具备基本的 Python 编程能力。研究方向为分子模拟相关领域的研究生优先。
讲师介绍
杨奕博士,深圳湾实验室系统与物理生物学研究所副研究员,华为首批 HUAWEI Ascend Expert(HAE)开发者,MindSpore 专家委员会及用户委员会成员,MindSpore 社区分子模拟工作组(WG-MM)负责人。
黄渝鹏,于2019年获得北京大学化学与分子工程学院学士学位,目前在北京大学高毅勤课题组继续攻读物理化学博士学位。其研究兴趣包括分子动力学中的增强采样和高性能计算方法开发以及复杂化学和生物系统的模拟。
夏义杰,于2019年获得北京大学化学与分子工程学院学士学位,目前在北京大学高毅勤课题组继续攻读物理化学博士学位。其主要关注复杂化学和生物系统的模拟。
课程安排
2021年8月21日
- 09:00 – 12:00 SPONGE 基础操作
- 14:00 – 17:00 SPONGE 在生物和材料体系中的应用
- 19:00 – 21:00 上机操作
2021年8月22日
- 09:00 – 12:00 MindSpore 基础
- 14:00 – 17:00 MindSpore 在分子模拟中的应用
- 19:00 – 21:00 上机操作
2021年8月23日
- 09:00 – 12:00 分子模拟与深度学习的进阶应用
- 14:00 – 17:00 上机操作与答疑
直播交流群:针对本次 MindSpore Sponge Workshop,欢迎大家进群一起交流。如群已超出人数限制,请添加其他小助手微信:mindspore0328,备注「Sponge」即可。