以深度学习研究基因突变,Deep Genomics完成种子轮融资

上周,Deep Genomics公司宣布完成370万美元的种子轮融资,由位于湾区True Ventures领投,Bloomberg Beta和其它投资方跟投。 Deep Genomics公司由加拿大多伦多大学Brendan Frey教授实验室于今年夏天创立,该实验室能够通过深度学习技术筛选海量以前未知的基因突变,找出致病的基因突变。 2015-11-23-1 在此之前,几乎所有的基因研究都专注于基因组中为蛋白质指定遗传密码的那一部分。但是,正如面粉、鸡蛋和奶油能做出几百种不同的烘焙食物一样,基因成份也有很多种组合方式。这一过程就是可变剪接(alternative splicing),也是细胞从单一基因代码创造出如此多的细胞种类的过程。但是支配这一过程的许多代码仍是个谜。 2010年,Frey团队曾发表过一篇论文,他们识别出了老鼠基因组内一个支配剪接的粗糙代码(a rough code)。过去四年,基因数据,特别是人类数据的质量显著提高,机器学习技术日益成熟,为Frey及其合作者的这项研究提供了可能:人类基因组中,许多点上的特定突变如何影响到可变剪接。Frey和他的同事使用了一种成熟的机器学习模型(form)来识别这套指令集中的突变,预测这种突变可能造成的影响。 Frey希望这个模型最终能对个性化医疗发挥用处。例如,医生还不能决定某些健康人携带的新突变是否有癌变等恶化的倾向。假如进行更多的验证, Frey的模型可能将有助于回答这个问题。 Frey说,「我们能分析任何突变,甚至是那些还没有被识别的突变」。这使得研究员可以去预测新突变是危险的还是无害的——从本质上说,这就是执行一个筛查测试。他说,「我希望它对医疗产生重大影响,我想将它用于实践。」公司希望自己的技术能够改变当前基因医疗现状。 Frey表示,公司会用投资壮大机器学习和基因生物学专家队伍,进一步研发、验证公司的深度学习技术。新进加入的人才将有助于公司提升现有技术,确定基因变异对各种细胞机制的影响,推进该技术在诊断,定制化医疗以及制药方面的应用。 目前,这家公司已经与医院,生物科技创业公司以及制药公司展开合作,使用与基因疾病患者的基因数据测试公司系统。Human Longevity也在今年8月成为其客户,公司还与SynapDx,多伦多应用基因组学中心建立「合作伙伴」关系。 机器之心编译出品,编译:微胖

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